刘德华饰演的金融大亨余顺天是一个对贩毒嫉恶如仇对毒品恨之入骨的富商，这一切都源自幼年阴影，亲眼目睹父亲就是被毒品毁掉的，毒品成了痛苦根源。从那个时候他就暗暗下定决心要将所有沾毒的赶尽杀绝。于是离开了正兴帮会，同时也得罪了古天乐饰演的地藏。

古天乐饰演的地藏是一个心狠手辣的反派，刚开始和余顺天是同门师兄，因为贩毒被郑则仕演的帮会老大赶出正兴，同时也让余顺天砍掉了地藏三根手指。地藏怀恨在心，但是没有找余顺天报复，一直相安无事。一直到余顺天的儿子死掉开始爆发，余顺天开始悬赏捉拿地藏。而地藏也悬赏干掉余顺天，于是正邪两人开始了天地对决。

之所以《扫毒2》剧情残酷，就是因为在这个过程中，正邪13个角色全军覆没，唯独只有一人还活着。死掉的人分别是：刘德华饰演的余顺天，古天乐饰演的地藏，余顺天妻子，余顺天前女友，余顺天和前女友的儿子，应采儿饰演的毒枭Ca姐，欧阳靖饰演的毒枭，恭硕良饰演的毒枭，林警官手下一男一女，林警官的妻子，林警官女儿的同学，林警官的卧底，还有郑则仕饰演的正兴帮会老大。这样的剧情难道不残酷不惨烈吗？真的是没有想到。

只有苗侨伟饰演的林警官还活着，毒枭毒贩的命不能被私人处决，必须由警察进行公开审判。所以这是电影要讨论的话题。余顺天认为跟毒贩还讲什么人格，但是林警官坚持一个观点那就是毒贩是抓不完的，毒贩也有自己的生命，个人无权处置，只有抓住毒贩毒枭审判他们才行。两者是存在矛盾的，所以这也是天地对决的揪心一幕。

余顺天前女友不能容忍余顺天是帮会成员同时还整天喝醉，患癌症死了。前女友生的儿子因为沾染毒品产生幻想不幸坠楼也死了。余顺天的妻子不能生育，同时知道了余顺天的过去也很生气，被地藏手下打死了。太多的人都是因为毒品死的，或者是间接和禁毒有关死的，最可惜的就是林警官妻子被吸毒人员割喉死了，一开场很震撼。

最后结局算是邪不压正吗？余顺天和地藏互相击毙了对方都死了，林警官无奈的跪下了，正义赢了吗？看似是赢了其实都输了。电影反应的依然是禁毒，依然是反毒。到底是吸毒人有错，还是毒贩有错，电影没有给出答案，这个答案是暂时无法回答的。珍爱生命，远离毒品，这才是电影最想要呼吁的核心点。